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Bandiera di stato e mercantile adottata già il 27 aprile 1992. Dopo la separazione di quattro Repubbliche su sei, la federazione jugoslava, ridotta solo alla Serbia e al Montenegro, tornò al tricolore pulito. Come bandiera nazionale, prevalse l'uso di quelle delle singole Repubbliche, sempre più autonome l'una dall'altra. Il 4 febbraio 2003 è anche scomparso il nome federale di Jugoslavia, sostituito da "Serbia e Montenegro", preludio alla definitiva divisione. Con la proclamazione dell'indipendenza del Montenegro avvenuta il 3 giugno 2006, in seguito al referendum del precedente 21 maggio con cui la popolazione montenegrina si era espressa a favore della totale separazione e confermata il 5 giugno successivo da un analogo atto da parte della Serbia, la confederazione è stata sciolta e i due Stati hanno adottato ciascuno la propria bandiera. Proporzioni 1:2 per la bandiera di stato e 2:3 per quella mercantile.