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Bandiera della città libera dell’Impero. Introdotta nel 1770, fu alzata anche dalla suddetta Repubblica, quando decise liberamente di unirsi alla Francia (15 marzo 1798). Il disegno a fiamme ricordava le insegne militari della Svizzera, a cui la città appartenne dal 1354 al 1586, ma alcuni vogliono vedere nelle fiamme le pale di un mulino; il nome tedesco della città Mühlhausen significa appunto “casa del mulino”.