1.
Bandiera di stato in mare (Blue Ensign) entrata in uso verso il 1888 (il Protettorato fu istituito il 12 maggio 1888), scomparsa di fatto il 17 dicembre 1941 con l'occupazione giapponese. Il 15 luglio 1946 lo Stato diventò una colonia della corona, ma nessuna nuova bandiera fu adottata fino al 1950. Dal 1946 al 1950 si usarono probabilmente bandiere britanniche senza alcun badge. L'emblema del leone rosso in campo giallo era preso dalla bandiera della Compagnia del Borneo Settentrionale.
2.
Bandiera coloniale (di stato in mare) in uso dal maggio 1950 e abolita il 16 settembre 1963 con il conseguimento dell'indipendenza ed acquisendo la nuova denominazione di Sabah. Nel 1948 fu approntato per la colonia un nuovo emblema ricavato dal crest dello stemma di stato. Due braccia - la destra di un indigeno e la sinistra di un europeo - tenevano alta l'insegna gialla col leone rosso che fu della Compagnia del Borneo Settentrionale. Tale emblema passò sulla bandiera circa due anni dopo. A differenza del Protettorato, la colonia non aveva una Red Ensign con badge, perciò usava, come insegna mercantile, quella britannica pulita.